施工合同中约定的质保金预留比例和返还期限与《建设工程质量保证金管理办法》的规定不一致是否有效，要从以下几个方面考虑：

首先，根据合同的签约时间分两种情况讨论：如果合同签订在先，《办法》在后，根据我国《立法法》规定，除特殊情况，我国法律不溯及既往，即对法律生效前的行为没有溯及力，因此，合同约定有效。尽管有些约定不尽合理，例如：有些施工合同约定，质保金的返还期限为该分部工程的保修年限，如果说是地基基础与主体结构则为设计年限，可以长达几十年。

另一种情况是《办法》在先，合同签订在后，比如《办法》已将预留比例调整为3%，可有些业主单位还要求预留5%，《办法》已规定，已经缴纳履约保证金的，发包人不得同时预留工程质量保证金，但还是有些业主单位在招标时收了履约保证金，施工过程中又扣质量保证金。这些约定的效力，在此前的司法实践中，大多被认定为有效，理由是《办法》是由住建部和财政部颁发的部门规章，并不是全国人大及其常委会制定的法律和国务院制定的行政法规，尚不能根据《合同法》违反法律、行政法规强制性规定的合同无效而认定无效。但现在的情况有所变化，2019年11月4日，最高人民法院发布了《全国法院民商事审判工作会议纪要》，其中第31条规定：违反规章一般情况下不影响合同效力，但该规章的内容涉及金融安全、市场秩序、国家宏观政策等公序良俗的，应当认定合同无效。

上述《办法》是根据《国务院办公厅关于清理规范工程建设领域保证金的通知》精神而制定的，在该通知中，国务院指出：“清理规范工程建设领域保证金，是推进简政放权、放管结合、优化服务改革的必要措施，有利于减轻企业负担、激发市场活力，有利于发展信用经济、建设统一市场、促进公平竞争、加快建筑业转型升级。”由此可见，《办法》的执行有利于在新形势下进一步规范市场秩序，切实减轻企业负担，促进经济结构进一步转型，与国家宏观经济政策的调整密切相关。

因此，认定违反《办法》强制性规定的约定无效，以司法的强制力保障《办法》的全面实施，有利于国家宏观政策及时有效的全面实施。基于此，倾向于应认定违反《办法》强制性规定的约定无效。当然，《九民会议纪要》的规定刚出台不久，司法实践中对此类问题如何认定、尺度如何把握还有待于观察，但不影响施工企业据此提出认定约定无效的诉求。